为了阐释新冠病毒与RNA的相互作用，以及瑞德西韦的药物作用机制，研究者们首先通过昆虫细胞共表达了新冠病毒的复制酶三元复合物，通过EMSA实验验证了复合物与RNA的结合，紧接着经验丰富的药物化学家沈敬山等指出三磷酸形式的瑞德西韦（Remdesivir-TP）才有可能抑制RdRp，并合成了Remdesivir-TP用于结构测定，同时，作者们首次利用了体外生化实验，建立了新冠病毒复制酶活性的测定方法，并且通过Remdesivir-TP和Remdesivir设计和建立了药物抑制试验，揭示了Remdesivir-TP才是最终发挥活性的小分子形式。

本研究在饶子和院士课题组前期的RdRp研究（详见此前BioArt的报道：饶子和团队解析新冠病毒RNA依赖RNA聚合酶（瑞德西韦靶点）高分辨率结构，该工作已于2020年4月10正式在Science杂志在线发表）的基础上，进一步通过冷冻电镜获得了2.8埃分辨率的apo复合物结构和2.5埃分辨率的复制酶/RNA/瑞德西韦复合物，两个结构总体上十分接近，研究者们在模板引物RNA和nsp12之间观察到广泛的蛋白质-RNA相互作用，其中nsp12共有29个残基直接参与RNA的结合，出乎意料的是，尽管RdRp的RNA结合需要这两种蛋白质，但nsp7或nsp8并未介导RNA相互作用。